ذوالفقار علی بھٹو کا شمار ان نایاب سیاسی لیڈروں میں ہوتا تھا جن کے پاس سیاسی حالات کو ہوشیاری سے پڑھنے کی جبلت اور وسیع وژن تھا۔ بھٹو کی ہوشیاری اور دور اندیشی نے پاکستان کو کامیاب نیوکلیئر پروگرام کی طرف لے جایا۔ نیوکلیئر ٹیکنالوجی کے حصول نے سیاسی دنیا میں خاص طور پر برصغیر کے خطے میں ہنگامہ کھڑا کر دیا۔ جب بھارت نے اپنا جوہری پروگرام شروع کیا تو اس نے پاکستان کے لیے خطرہ پیدا کر دیا تو یہ بھٹو ہی تھے جنہوں نے پاک-ایٹمی پروگرام کو سنجیدگی سے شروع کیا۔ بھٹو کے دور حکومت میں (1971-1977) یہ محسوس ہوا کہ اب وقت آ گیا ہے کہ پاکستان اپنے پروگرام کے لیے ٹھوس بنیادیں تیار کرے۔ دسمبر 1971 میں صدر کے طور پر اقتدار میں آنے کے فوراً بعد، اس نے اپنے جوہری پروگرام کو قائم کرنے کے لیے کام شروع کر دیا۔ 1956 میں پاکستان انرجی کمیشن (پی اے ای سی) کی بنیاد رکھی گئی لیکن یہ شعبہ بھٹو کے دور میں سنگین کاروبار میں چلا گیا جو مستقبل میں پاکستان کے ایٹمی پروگرام کا باپ ادارہ ثابت ہوا۔
چوبیس جنوری 1972 کو بھٹو نے ملک کے 50 بڑے سائنسدانوں کو اکٹھا کیا جس کا مقصد پاکستان کے لیے جوہری پروگرام شروع کرنے کا منصوبہ بنانا تھا۔ یہ جنوبی ایشیائی خطے میں طاقت کے توازن میں بگاڑ کی وجہ سے پیدا ہونے والی پولرائزڈ صورتحال پر قابو پانے کی کوشش تھی۔ عالمی طاقتوں کی مخالفت اور تنقید کے باوجود پاکستان اس منصوبے پر ڈٹا رہا اور اپنی پالیسی پر قائم رہا۔ بھٹو نے جوہری ہتھیاروں کی تیاری کے لیے چین اور شمالی کوریا سے مدد طلب کی اور ایک ڈچ سینٹری فیوج فرم (ایف ڈی او) سے بھی مدد مانگی۔ بھارت کی کارروائی نے بھٹو کو ردعمل کے طور پر ایسا کرنے کی ترغیب دی۔ بھٹو کی حوصلہ افزائی نے اس شعبے کے باصلاحیت اور ماہر لوگوں کو مرکز میں لایا، خاص طور پر عبدالقدیر خان جنہیں خود بھٹو نے خصوصی طور پر مدعو کیا تھا۔ بعد میں وہ ’’فادر آف بم‘‘ بن گیا۔
بھٹو کے دور میں ملک کے مختلف حصوں میں یورینیم کی افزودگی کے مختلف پلانٹس لگائے گئے جیسے کہ؛ ڈیرہ غازی خان، کراچی، اسلام آباد، کہوٹہ اور چکلالہ وغیرہ میں یہ پلانٹس ڈاکٹر اے کیو خان کے آنے سے پہلے کام کرنے لگے تھے لیکن اصل عمل ان کے آنے کے بعد شروع ہوا۔ اس نے بقیہ اسلامی دنیا خاص طور پر تیل کی دولت سے مالا مال مشرق وسطیٰ، لیبیا اور سعودی عرب سے مالی امداد کے لیے رابطہ کیا۔ 1970 کی دہائی کے اوائل میں ایران اور سعودی عرب سے بھی اربوں ڈالر پاکستان آئے۔ بھٹو کی اسلامی دنیا کے لیے اسلام نواز یا دوستانہ پالیسی پاکستان کے ایٹمی پروگرام کے لیے مالی امداد کا بنیادی عنصر بنی۔ یورینیم کی افزودگی کے بہت سے پوشیدہ پلانٹس امریکہ، اقوام متحدہ اور دیگر یورپی طاقتوں کی مزاحمت اور تحفظات کے باوجود شروع کیے گئے۔ حیرت انگیز طور پر پاک نیوکلیئر پروگرام بغیر کسی رکاوٹ کے خفیہ طور پر چلا۔ اس عمل کو شروع کرنے میں تب چیف آف آرمی سٹاف جنرل ضیاء الحق بھی شامل تھے۔ 18 مئی 1974 کو بھارت کے ایٹم بم کے پہلے دھماکے کے بعد پاک فوج نے 1976 میں کہوٹہ افزودگی پلانٹ کی مدد کے لیے (پی اے ای سی) کے ساتھ تعاون کیا۔
پاکستان کے ایٹمی پروگرام کے تمام بڑے ڈیزائن بھٹو نے بنائے تھے، جس نے پاکستان کے دفاع کو ناقابل تسخیر بنا دیا۔