جلال الدین خلجی نے بلبن کے جانشینوں کا تختہ الٹ دیا اور خلجی خاندان کی بنیاد رکھی، جس نے 1290 اور 1320 کے درمیان جنوبی ایشیا کے بڑے حصوں پر حکومت کی۔ یہ ہندوستان کی دہلی سلطنت پر حکومت کرنے والا دوسرا خاندان تھا۔ خلجی خاندان کا نام افغانستان کے ایک گاؤں کے نام پر رکھا گیا تھا۔ بعض مورخین کا خیال ہے کہ وہ افغان تھے، لیکن بھرانی اور وولس ہیگ اپنے بیانات میں بتاتے ہیں کہ اس خاندان کے حکمران جو ہندوستان آئے، اگرچہ وہ عارضی طور پر افغانستان میں آباد ہوئے تھے، اصل میں ترک تھے۔” خلجی وسطی ایشیائی ترک خاندان تھے لیکن افغانستان میں طویل عرصے سے مقیم رہے، اور کچھ افغانی عادات و اطوار کو اپنایا۔
دہلی کی عدالت میں ان کے ساتھ افغانیوں جیسا سلوک کیا گیا۔ خلجی خاندان کے تینوں سلطانوں کو مورخین نے ان کی بے وفائی اور درندگی کی وجہ سے یاد کیا ہے۔ کسی حد تک، خلجی کا قبضہ دہلی سلطنت کے علاقے (وسطی ایشیا اور ایران میں) سے باہر ہونے والی تبدیلیوں اور شمالی میں ترک حکومت کے قیام کے بعد ہونے والی تبدیلیوں سے منسوب طاقت کے بدلتے ہوئے توازن کو تسلیم کرنے کی طرف ایک اقدام تھا۔ انڈیا خلجیوں کی درباری زبانیں فارسی تھیں، اس کے بعد عربی، ان کی مقامی ترکمان زبان اور کچھ شمالی ہندوستانی بولیاں تھیں۔ اگرچہ یہ ان کی مادری زبان نہیں تھی، لیکن خلجی سلطانوں نے فارسی کے استعمال کی حوصلہ افزائی کی۔ مختلف زبانوں کے اس بقائے باہمی نے اردو کی ابتدائی شکل کو جنم دیا۔ ابن بطوطہ کے مطابق، خلجیوں نے یہ رواج بنا کر اسلام قبول کرنے کی ترغیب دی کہ مذہب تبدیل کرنے والے کو سلطان کے سامنے پیش کیا جائے (جو اس پر چادر چڑھائے گا اور اسے سونے کے کنگن سے نوازے گا)۔ اختیاار الدین بختیار خلجی کے بنگال پر کنٹرول کے دوران، ہندوستان میں مسلمان مشنریوں نے اسلام قبول کرنے والوں کی تعداد میں اپنی سب سے بڑی کامیابی حاصل کی۔
جنوبی ایشیا میں خلجی خاندان کا بانی ملک فیروز اصل میں غلام خاندان کے زوال کے دنوں میں کائق آباد کی طرف سے مقرر کردہ اریز الملک تھا۔ بلبن کے جانشینوں کی نااہلی کی وجہ سے پیدا ہونے والے سیاسی خلا سے اس نے فائدہ اٹھایا۔ تخت پر قبضہ کرنے کے لیے اسے صرف شیر خوار سلطان کیمور کو ہٹانا پڑا۔ 13 جون 1290 کو ملک فیروز جلال الدین فیروز شاہ کے طور پر دہلی کے تخت پر بیٹھا۔ خلجی بنیادی طور پر وسطی ایشیائی تھے لیکن افغانستان میں اتنے عرصے سے مقیم تھے کہ وہ رسم و رواج کے لحاظ سے ترکوں سے مختلف ہو گئے تھے۔ اس طرح خلجیوں کا اقتدار میں آنا ایک خاندانی تبدیلی سے زیادہ تھا۔ چونکہ دہلی کی مسلم آبادی کی اکثریت ترک تھی، اس لیے خلجی حکمران کی آمد کا زیادہ خیر مقدم نہیں کیا گیا۔ اس کے باوجود جلال الدین اپنی نرمی اور سخاوت سے لوگوں کے دل جیتنے میں کامیاب رہے۔ اس نے غلام خاندان میں کلیدی عہدوں پر فائز بیشتر افسران کو برقرار رکھا۔ اس کے اپنے بھتیجے اور داماد علاؤالدین خلجی نے جلال الدین کو قتل کر کے نیا حکمران بنا لیا۔ 1296 عیسوی سے 1316 عیسوی تک علاؤالدین خلجی نے بہت سے دلیرانہ کارناموں کے ساتھ دہلی سلطنت پر غلبہ حاصل کیا۔ 1297 عیسوی میں دہلی کا سلطان علاؤالدین خلجی بننے کے فوراً بعد ریاست گجرات کے مختلف حصوں پر فتح حاصل کرنے کے لیے نکلا، علاؤالدین بھی چونکا دینے والی معاشی اصلاحات نافذ کرنے میں کامیاب رہے، حالانکہ ان کے اثرات شاید دہلی اور 100 میل کے دائرے تک ہی محدود تھے۔ اس کے ارد گرد. اس کے باوجود یہ واقعی قابل اعتبار تھا کہ اس نے وہ حاصل کیا جو ہندوستان میں جدید حکومتوں نے پوری طرح سے حاصل نہیں کیا۔ علاؤالدین نے بازار کو دوبارہ منظم کیا تاکہ مقررہ قیمتیں ہوں جو قابل برداشت تھیں، اس نے سامان کے تیار ذخیرہ کو یقینی بنانے کے لیے گودام کی سہولیات تیار کیں، حکومت نے نقل و حمل کے کاروبار میں قدم رکھا اور سامان کی تیزی سے نقل و حرکت کے لیے سہولیات فراہم کیں۔ علاؤالدین کا دور جدید انتظامی اور محصولاتی اصلاحات، مارکیٹ کنٹرول کے ضوابط اور فتوحات کے طوفانی دور سے نشان زد ہے۔ اسے خلجی حکومت کا سنہری دور سمجھا جاتا ہے۔ تاہم علاؤالدین کی موت سے پہلے ان کا گھر دو کیمپوں میں تقسیم ہو گیا تھا۔ اس کے نتیجے میں خلجی خاندان کا خاتمہ ہوا۔ جنوری 1316 کو طبیعت کی خرابی کی وجہ سے ان کا انتقال ہوگیا۔
ہندوستان میں خلجی خاندان کا تیسرا اور آخری حکمران قطب الدین مبارک شاہ تھا۔ وہ سب سے کمزور حکمران تھا اور اس کے دور حکومت میں تمام ٹیکس اور جرمانے ختم کر دیے گئے۔ اس نے تمام جنگی قیدیوں کو رہا کر دیا جو بھیانک لڑائیوں کے بعد پکڑے گئے تھے۔ اسے بالآخر خسرو خان نے قتل کر دیا اور اس سے ہندوستان میں خلجی خاندان کا خاتمہ ہوا۔