سات اکتوبر 1958 کی رات کو ایک صدارتی اعلان کے ذریعے آئین کو معطل کر دیا گیا۔ وزراء کو فارغ کر دیا گیا۔ مقننہ تحلیل کر دی گئی اور سیاسی جماعتوں پر پابندی لگا دی گئی۔ آرمی چیف جنرل محمد ایوب خان کو چیف مارشل لاء ایڈمنسٹریٹر مقرر کیا گیا۔ اس اعلامیے میں ملک کی افراتفری، پارلیمانی لیڈروں کی طرف سے شکوک و شبہات کی کمی، وسیع پیمانے پر بدعنوانی، خدمات کے غیر ذمہ دارانہ طرز عمل اور مالیات کی بے ترتیبی پر تفصیل سے روشنی ڈالی گئی۔ ایک اور اعلان میں کہا گیا کہ اس ‘ٹیک اوور’ کا مقصد ‘کشیدگی کو بہتر کرنا’ اور ملک کو زیادہ قابل عمل حکومت کے لیے تیار کرنا تھا۔ نئی حکومت کے تین ہفتوں کے تجربے سے ظاہر ہوتا ہے کہ اسکندر مرزا اب بھی کھیل رہے ہیں اور اپنے نئے ساتھیوں کے خلاف وہی ہتھیار استعمال کرنے کی کوشش کر رہے ہیں جو اس نے سیاست دانوں کے خلاف کامیابی سے استعمال کی تھی۔ انہیں 27 اکتوبر 1958 کو عہدہ خالی کر دیا گیا اور چیف مارشل لاء ایڈمنسٹریٹر محمد ایوب خان ملک کے صدر بن گئے۔
سنہ1960 میں تشکیل دیئے گئے آئینی کمیشن نے اپنی زیر غور رائے درج کی کہ 1956 کے آئین کی توڑ پھوڑ ملک میں منظم سیاسی جماعتوں کی عدم موجودگی اور ایک طبقے کے طور پر سیاست دانوں میں قابلیت کی خواہش کی وجہ سے ہوئی۔ کابینہ سویلین کے ساتھ ساتھ جرنیلوں پر مشتمل تھی۔ وزیراعظم کا عہدہ ختم کر دیا گیا اور ایوب خان کی کابینہ صدارتی کابینہ کے طور پر کام کرنے لگی۔ نئی حکومت کی طرف سے قائم کی گئی عدالتوں میں، فوجی افسران ججوں اور مجسٹریٹوں کے ساتھ بیٹھ کر سماج دشمن جرائم کی سماعت کرتے تھے۔ پرائس کنٹرول کا سخت نظام نافذ کیا گیا۔ ذخیرہ اندوزوں کو باہر لایا گیا۔ حکومتی محصولات اور ٹیکسوں کے بقایا جات تیزی سے خزانے میں جمع ہوئے۔ قومی زندگی چند دنوں میں بحال ہو گئی۔
تمام سرکاری ملازمین کی عام اسکریننگ کا حکم دیا گیا۔ یہ اس لیے ضروری تھا کیونکہ اندھا دھند بھرتیوں اور تیز رفتار ترقیوں سے عوامی خدمات کا مورال تباہ ہو چکا تھا۔ انتظامیہ کو کوتاہی اور کمیشن کے بہت سے گناہوں کا ذمہ دار ٹھہرایا گیا، لیکن نااہلی اور بدعنوانی بنیادی الزامات تھے۔ تمام ریاستی ملازمین کی ریکارڈ کردہ خدمات کا بغور جائزہ لیا گیا جس کے نتیجے میں کلاس ون کے 133 افسران، کلاس ٹو کے 221 اورون، کلاس تھری کے 303 افسران کے نام پبلک پے رول سے ہٹا دیے گئے۔ سابقہ حکومتوں میں سے کوئی بھی انتظامی بیوروکریسی کو ٹون اپ کرنے کے لیے ایسا بے مثال قدم نہیں اٹھا سکتی تھی۔ مارشل لاء کے اعلان اور آئین کی تنسیخ کے نتیجے میں قانونی سیٹ اپ مکمل طور پر ختم ہو گیا۔
لہٰذا مارشل لاء کے نفاذ کے تین دن بعد 10 اکتوبر 1958 کو نئے قانونی نظام کو لانے کے لیے لاز آرڈرز جاری کیے گئے۔ ایسا لگتا ہے کہ لاء آرڈر 1958 نے آئین کی تنسیخ کے بعد قانونی نظام کے تسلسل کے لیے ریاست کو ایک قانونی فریم ورک فراہم کیا ہے۔ 1954 میں پہلی آئین ساز اسمبلی کی تحلیل کے بعد ملک کو جس قانونی خلا اور بحران کا سامنا کرنا پڑا تھا اس سے بچا گیا۔ جمہوریہ کے آرڈر میں استعمال ہونے والا اظہار تقریباً اسی طرح چلایا جائے گا جتنا دیر سے آئین کے مطابق ہو سکتا ہے۔
مارشل لاء کے نفاذ کے بعد ریاستی اقتدار صدر مرزا اور جنرل ایوب خان کے ہاتھ میں آگیا جنہیں چیف مارشل لاء ایڈمنسٹریٹر مقرر کیا گیا تھا۔ اقتدار کی اس تقسیم کا منطقی نتیجہ دونوں آدمیوں کے درمیان جدوجہد کی صورت میں نکلنا پڑا اور اس کے فوراً بعد یہ نتیجہ نکلا۔ صدر مرزا نے 24 اکتوبر 1958 کو ایوب کو وزیراعظم بنا کر طاقت کے ڈھانچے اور ریاستی ڈھانچے کو معقول بنانے کی کوشش کی۔ انہوں نے غیر سیاسی شخصیات پر مشتمل ایک نئی کابینہ تشکیل دی۔ اس سے ایوب خان مطمئن نہیں ہوئے جو فوج کے کمانڈر ان چیف ہونے کے ناطے اقتدار کا مضبوط دعویٰ رکھتے تھے۔ صدر مرزا اپنے مستقبل کے بارے میں بے چین تھے اور انہوں نے فضائیہ اور فوج کے اندر ایوب کے حریفوں کی حمایت حاصل کرنے کی کوشش کی۔ اس نے مبینہ طور پر پاک فضائیہ کے چیف آف اسٹاف ایئر کموڈور روب کو میجر جنرل یحییٰ خان سمیت ایوب کے قریبی چار جرنیلوں کو گرفتار کرنے کا حکم دینے کی ناکام کوشش کی۔ ایوب نے مرزا سے جان چھڑانے اور ریاست کے امور پر مکمل کنٹرول حاصل کرنے کا فیصلہ کیا۔ مرزا کو گرفتار کر کے برطانیہ جلاوطن کر دیا گیا جہاں بعد میں اس کی موت ہو گئی۔ ایوب نے جلد ہی شکوک و شبہات کو ثابت کرنے کی کوشش کی کہ وہ محض فوج کا ‘فرنٹ مین’ نہیں بلکہ پاکستان میں ‘مطلق ماسٹر’ ہے۔