جنگ آزادی کے بعد ہندوستانیوں کو مایوس کن اور حوصلہ شکن شکست کا سامنا کرنا پڑا جبکہ سفید فاموں کی شاندار فتح نے ان کی حکمرانی کو طول دیا۔ محکوم ہندوستانیوں کے لیے اس کے اثرات زیادہ شدید تھے۔ مغل بادشاہت کا خاتمہ آخری مغل بادشاہ بہادر شاہ ظفر کی معزولی کے ساتھ ہوا۔ اسے جنگ کے دوران گرفتار کر کے رنگون، برما بھیج دیا گیا جہاں اسے عمر قید کی سزا سنائی گئی۔
ایسٹ انڈیا کمپنی کے سپاہیوں نے چوبیس شہزادوں سمیت ان کے خاندان کے افراد کو بے دردی سے قتل کر دیا۔ دوسرا نتیجہ ہندوستان میں ایسٹ انڈین کمپنی کے کنٹرول اور کمانڈ کا خاتمہ تھا۔ 1852 کے برطانوی چارٹر میں کہا گیا ہے کہ حکومت ہند کو انگریزی تاج نے کمپنی کے سپرد کیا تھا۔ اور چونکہ جنگ نے یہ تاثر چھوڑ دیا تھا کہ کمپنی اب اسے محفوظ رکھنے کے قابل نہیں رہی، لہٰذا حکومت ہند کو ذاتی طور پر ملکہ انگلستان نے سنبھال لیا جو تاج کی نمائندگی کے لیے ہندوستان میں ایک وائسرائے کو مقرر کرے گی۔ کمپنی کے بورڈ آف ڈائریکٹرز اور بورڈ آف کنٹرول کو تحلیل کر دیا گیا اور اس کے بجائے پندرہ ممبران کی ایک کونسل مقرر کی گئی جس کا سربراہ سیکرٹری آف اسٹیٹ فار انڈیا تھا۔
ایک اور نکتہ جس کا تاج کمپنی کو احساس ہوا وہ کمپنی اور مقامی زمینداروں کے درمیان واضح عدم اعتماد تھا۔ ہندوستان کی تمام سرزمین اور اس کے وسائل پر قبضہ کرنے میں کمپنی کی غیر قانونی اور بدعنوان سرگرمیوں نے انقلابیوں کے ساتھ تعاون کرنے والے ہندوستان کے حکمرانوں کو مشتعل کردیا تھا۔ اس طرح ایسٹ انڈیا کمپنی کی پالیسی کے برعکس تاج نے ہندوستانی عوام کے ساتھ اعتماد اور اعتماد کا رشتہ استوار کرنے کی کوشش کی۔ یہ یقین دہانی کرائی گئی کہ انگلستان اب ہندوستانی سرزمین پر قبضہ کرنے میں دلچسپی نہیں رکھتا اور مستقبل میں ہندوستانی لارڈز کے ساتھ کئے گئے تمام معاہدوں کو تسلیم کیا جائے گا۔ موروثی حکمرانوں کو بھی مردوں کو اپنا جانشین بنانے کی آزادی دی گئی۔ مقصد بالآخر ان کا اعتماد اور حمایت حاصل کرنا تھا۔
ولی عہد کا خیال تھا کہ بنیادی طور پر مسلمانوں نے برطانوی حکومت کے خلاف بغاوت شروع کی تھی۔ اس وجہ سے انہوں نے سارا الزام ہندوستانی مسلمانوں پر ڈال دیا اور زیادہ تر بدلہ ان سے لیا۔ زیادہ تر مسلمانوں کو سرکاری ملازمتوں سے فارغ کر دیا گیا۔ غداروں کے علاوہ تمام مسلمانوں کو بے رحمی سے لوٹا اور مارا گیا۔ اس کا مقصد مسلم کمیونٹی کو ان کے سیاسی حقوق سے محروم کرنا تھا۔ مسلمانوں نے بھی انگریزوں سے بالکل بیزار ہو کر نہ صرف سفید فام لوگوں کو بلکہ ان کی متعارف کردہ تمام نئی چیزوں کو بھی مسترد کر دیا۔ طویل عرصے میں یہ ایک تباہ کن رجحان ثابت ہوا جس نے مسلمانوں کو بالکل افسردہ، ویران اور مایوس کن کمیونٹی بنا دیا اس کی بنیادی وجہ یہ تھی کہ انہوں نے خود کو جدید تعلیم سے بالکل دور رکھا اور اس طرح وہ عجیب طور پر ان پڑھ اور بدقسمتی سے پسماندہ رہے۔ دوسری طرف ہندوؤں نے نئی حکومت کے ساتھ ہاتھ ملایا اور پڑھے لکھے اور خوشحال ہو گئے۔ اس سے ہندو مسلم اتحاد میں بھی مستقل دراڑ پڑ گئی کیونکہ مسلمانوں کا خیال تھا کہ اگرچہ ہندو ان سے لڑتے ہیں لیکن اس کی قیمت صرف مسلمان ہی ادا کر رہے ہیں۔ بالآخر انیسویں صدی کے دوسرے نصف میں ہندوستان نے قوم پرستی کے عروج کا مشاہدہ کیا جس نے دو قومی نظریہ کو جنم دیا جس کے نتیجے میں ہندوستان کی تقسیم اور پاکستان کی تخلیق ہوئی۔