ریفرنڈم سے جنرل ضیاء کی پوزیشن کافی مضبوط ہوئی اور وہ اس قدر پر اعتماد ہو چکے تھے کہ پھر انہوں نے ملک میں عام انتخابات کرانے کا فیصلہ کیا۔ چنانچہ 12 جنوری 1985 کو اعلان کیا گیا کہ قومی اور صوبائی اسمبلیوں کے انتخابات بالترتیب 25 اور 28 فروری کو ہوں گے۔ انتخابات غیر جماعتی بنیادوں پر ہونے تھے تاہم غیر رجسٹرڈ سیاسی جماعتوں کے عہدیداروں کو الیکشن لڑنے کی اجازت دی گئی۔ جن سیاستدانوں نے اس اعلان سے لطف اٹھایا، وہ انتخاب لڑنے کے اہل ہو گئے، ان میں غلام مصطفی جتوئی، ولی خان، بیگم نسیم ولی خان، نصرت بھٹو، بے نظیر بھٹو، شیرباز مزاری، ٹکا خان اور جنرل نصیر اللہ بابر شامل تھے۔
ایم آر ڈی نے، تاہم حزب اختلاف کی جماعتوں نے انتخابات کے بائیکاٹ کے اپنے فیصلوں کو برقرار رکھا کیونکہ پارٹیوں کی بنیاد پر انتخابات اور 1973 کے آئین کی بحالی کے ان کے مطالبات پورے نہیں ہوئے۔ کاغذات نامزدگی کی جانچ پڑتال کے بعد محمد خان جونیجو، الٰہی بخش سومرو، ظفر اللہ خان جمالی اور محی الدین بلوچ بلامقابلہ منتخب ہوئے تاہم ان کے کسی بھی مخالف کو اغوا نہیں کیا گیا اور نہ ہی تکنیکی بنیادوں پر کسی کے کاغذات نامزدگی مسترد کیے گئے۔ بہت سے سیاست دان اپنے حلقوں سے جیت نہیں سکے جن میں سابق ممبران قومی و صوبائی اسمبلی اور مشیر شامل ہیں جو عوام میں بہت مقبول تھے اور اپنی اپیلوں میں مقبول نظر آتے تھے۔ منظرعام پر نئے چہرے ابھرے۔ ایم آر ڈی کو جلد ہی الیکشن نہ لڑنے کی اپنی غلط فہمی کا احساس ہوا کہ اسے ضیاء کی شرائط پر الیکشن لڑنا چاہیے تھا۔ اس کے بعد قیادت ایک بدلی ہوئی تھی جس میں بہت سے پرانے رہنما نظر نہیں آتے تھے۔
ایک طویل اور تھکے ہوئے انتظار کے بعد بالآخر ضیاء نے ملک میں عام انتخابات کے انعقاد کا اپنا وعدہ پورا کر دیا۔ قومی اور صوبائی دونوں انتخابات پرامن طریقے سے ہوئے اور لوگوں کی بڑی تعداد نے اس میں حصہ لیا۔ تقریباً 1300 امیدواروں نے انتخابات میں حصہ لیا۔ 207 نشستیں آزاد امیدواروں نے جیتیں، 21 نشستیں خواتین کے لیے اور 9 نشستیں غیر مسلم اقلیتوں کے لیے مختص کی گئیں، کل نشستیں 237 تھیں۔قومی اسمبلی کے لیے ٹرن آؤٹ 53.69 رہا اور دلچسپ بات یہ ہے کہ صوبائی اسمبلیوں کے انتخابات میں ٹرن آؤٹ اور بھی بہتر رہا۔ اگرچہ ان کے انتخابی حلقے چھوٹے تھے اور مقابلہ مشکل تھا، لیکن ملک بھر میں اسے تقریباً 57.37 فیصد شمار کیا گیا۔ منتخب اراکین کی اکثریت حکومت کے ساتھ تعاون پر آمادہ تھی، اس امید پر کہ ان کے تعاون سے مارشل لاء کے جلد از جلد خاتمے کی راہ ہموار ہو سکتی ہے۔ مجلس شوریٰ کو نو منتخب اسمبلی سے تبدیل کرنا تھا اور اسے قانون سازی کے اختیارات بھی سنبھالنے تھے۔ محمد خان جونیجو پاکستان کے وزیراعظم بنے اور پھر انہوں نے اپنی حکومت بنائی۔
